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Licenciement après arrêt maladie : calcul de l’indemnité

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Le calcul de l’indemnité de licenciement peut rapidement devenir complexe lorsqu’un salarié a connu une période de temps partiel thérapeutique ou un arrêt maladie avant la rupture de son contrat. 

Une récente décision de la Cour de cassation du 5 mars 2025 vient confirmer une règle essentielle : l’indemnité de licenciement doit être calculée sur la base du salaire à temps plein perçu avant le passage en temps partiel thérapeutique, même si le salarié est en arrêt maladie au moment du licenciement. 

Cette précision protège les droits du salarié tout en clarifiant la position des employeurs et des services de paie. 

 

I. Un principe fondamental : pas de discrimination liée à l’état de santé 

 

L’article L 1132-1 du Code du travail pose un principe clair : 

« Aucun salarié ne peut être sanctionné, licencié ou faire l’objet d’une mesure discriminatoire en raison de son état de santé. » 

Cela signifie que le fait pour un salarié d’être en arrêt maladie ou en temps partiel thérapeutique ne doit pas avoir d’impact négatif sur ses droits, notamment en matière d’indemnité de licenciement. 

Ce principe a été réaffirmé par la Cour de cassation, qui veille à ce que les salariés en situation de fragilité médicale ne soient pas pénalisés dans le calcul de leurs droits. Ainsi, le temps partiel thérapeutique – qui a pour objectif d’aider à la reprise progressive du travail – ne doit pas réduire l’indemnité en cas de licenciement. 

 

II. Le calcul de l’indemnité de licenciement : la référence reste le salaire à temps plein 

 

Les articles L 1234-9 et R 1234-4 du Code du travail définissent les modalités de calcul de l’indemnité légale de licenciement. 

Le salaire de référence est déterminé selon la formule la plus favorable pour le salarié : 

  • soit le douzième de la rémunération brute des 12 derniers mois précédant le licenciement ; 
  • soit le tiers des 3 derniers mois de salaire brut. 

La Cour de cassation (Cass. soc., 12 juin 2024 et 5 mars 2025) a jugé que, lorsque le salarié a travaillé à temps partiel thérapeutique puis est placé en arrêt maladie avant son licenciement, ces périodes doivent être neutralisées. 

Autrement dit, le salaire de référence à retenir pour le calcul de l’indemnité de licenciement est celui du temps plein perçu avant le passage en temps partiel thérapeutique. 

Cette solution s’applique aussi bien à l’indemnité légale qu’à l’indemnité conventionnelle de licenciement, sauf dispositions plus favorables prévues par la convention collective. 

 

 

La jurisprudence récente confirme une règle protectrice : l’état de santé d’un salarié ne doit pas réduire ses droits, notamment en cas de licenciement. 

Le calcul de l’indemnité de licenciement d’un salarié en arrêt maladie après un temps partiel thérapeutique doit donc être effectué sur la base de son salaire à temps plein antérieur. 

  • Pour les entreprises, cette règle impose une vigilance particulière lors de l’établissement des bulletins de paie et du calcul des indemnités. 

 

  • Pour les salariés, elle garantit une indemnisation équitable, conforme à leurs droits. 

 

 

Votre expert-comptable peut vous accompagner dans la sécurisation du calcul des indemnités et la mise en conformité de vos pratiques RH avec la jurisprudence en vigueur. 

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